Ο ψυχίατρος Ιωάννης Γκογκολάκης γεννήθηκε και μεγάλωσε στα Χανιά. Το 1997 εισήχθη με πανελλαδικές εξετάσεις στην Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και αποφοίτησε το 2003 με βαθμό «λίαν καλώς».

Κατά τη διάρκεια της διετίας 2004-2005 ο ψυχίατρος υπηρέτησε ως αγροτικός ιατρός στο Γενικό Νοσοκομείο Χανίων και στο Κέντρο Υγείας Κισσάμου παρέχοντας στον τοπικό πληθυσμό πρωτοβάθμιες υπηρεσίες υγείας. Στη συνεχεία, στα πλαίσια της στρατιωτικής του θητείας στο Πολεμικό Ναυτικό ως ιατρός, υπηρέτησε στην Παθολογική Κλινική του Ναυτικού Νοσοκομείου Κρήτης .

Το 2008 και για δυο έτη εκπαιδεύτηκε ως ειδικευόμενος ψυχίατρος στην Ψυχιατρική Κλινική του Γενικού Νοσοκομείου Χανίων, ενώ στη συνέχεια στο ίδιο νοσοκομείο την περίοδο 2010-2011 εκπαιδεύτηκε στη Νευρολογία στη Νευρολογική Κλινική.

Τον Ιούλιο του 2011 συνέχισε την ειδίκευσή του στην Ψυχιατρική στο Ψυχιατρικό Νοσοκομείο Αττικής «Δαφνί». Συγκεκριμένα εργάστηκε σε Τμήμα οξέων  περιστατικών (10ο ΨΤΕ), στο 18 ΑΝΩ στα πλαίσια της εκπαίδευσης του στις εξαρτήσεις ψυχοτρόπων ουσιών, στο Κέντρο Ψυχικής Υγείας Περιστερίου παρέχοντας υπηρεσίες Κοινοτικής Ψυχιατρικής και ολοκλήρωσε την ειδίκευση του στη Ψυχογηριατρική κλινική του Ψυχιατρικού Νοσοκομείου Αττικής «Μποδοσάκειο Α΄». Κατά τη διάρκεια της εκπαίδευσης του παρακολούθησε τακτικό ψυχιατρικό ιατρείο, συμμετείχε στο πρόγραμμα εφημεριών και επισκεπτόταν μονάδες ψυχοκοινωνικής αποκατάστασης.

Επίσης εκπαιδεύτηκε στην ψυχιατροδικαστική από τη Β’ Ψυχιατρική κλινική του Πανεπιστημιακού Γενικού Νοσοκομείου Αττικόν. Συμμετείχε σε εξάμηνο σεμινάριο με αντικείμενο την Ψυχογηριατρική που διοργάνωσε η Ψυχογηριατρική εταιρία «Ο Νέστωρ», σε ετήσιο σεμινάριο με θέμα «Λακανική κλινική των ψυχώσεων». Το ακαδημαϊκό έτος 2011-2012 ολοκλήρωσε το πρόγραμμα εκπαίδευσης στη Γνωσιακή  Συμπεριφορική Ψυχοθεραπεία στο ερευνητικό ινστιτούτο ψυχικής υγιεινής (ΕΠΙΨΥ) της ψυχιατρικής κλινικής του πανεπιστημίου Αθηνών στο Αιγηνήτειο Νοσοκομείο. Κατά τη διάρκεια της ειδίκευσης του στο ΨΝΑ έλαβε μέρος σε εκπαιδευτικά μαθήματα ψυχοδυναμικής- ψυχαναλυτικής ψυχοθεραπείας.

Το Σεπτέμβριο του 2013 πήρε τον τίτλο της ψυχιατρικής ειδικότητας και τον Ιανουάριο του 2014 άνοιξε το ιδιωτικό του ιατρείο στα Χανιά. Από το Φεβρουάριο του 2014 έχει αναλάβει, ως επιστημονικός υπεύθυνος του Κέντρου Ημερήσιας Φροντίδας Αυτιστικών Παιδιών Ν.Χανίων (ΚΗΦΑΠ-Μεγαλόχαρη), την ψυχιατρική παρακολούθηση των ενηλίκων θεραπευόμενων.
Από το 2014 εκπαιδεύεται στην συστημική – οικογενειακή ψυχοθεραπεία.

Κατά τη διάρκεια της έως σήμερα σταδιοδρομίας του έχει συμμετάσχει σε ελληνικά και διεθνή συνέδρια με προφορικές και αναρτημένες ανακοινώσεις.